Мэр подчеркнул, что его не только капитально отремонтировали, но и отреставрировали: сохранили эркеры, кирпичный декор фасадных поверхностей, аттик главного входа. Кирпичные стены очистили и окрасили в темно-красный цвет (такой способ отделки использовался в первой половине ХХ века). Воссоздали и установили по историческим фотографиям 415 окон и 311 дверей.Отреставрировали лестницы, сохранив их конструкцию и декоративное оформление начала ХХ века. Привели в порядок обнаруженные в подвале и на первом этаже своды Монье - полукруглые своды, опирающиеся на железные балки.
Восстановили покрытие коридоров и лестничных площадок из метлахской плитки. Заменили межэтажные перекрытия, усилили конструкции здания, провели гидроизоляцию фундамента, восстановили стропильную систему и кровельное покрытие, проложили новые инженерные сети.
В обновленном здании разместился научно-академический корпус, куда переведут 27 кафедр ведущих медицинских научных центров и вузов. В распоряжении научных сотрудников больницы им. С.П. Боткина - трансформируемые лекционные залы и аудитории с мультимедийными системами. Они в том числе позволяют вести онлайн-трансляции из операционных.